Laboratori di Ricerca

Laboratori di Ricerca

Ubicazione

QUARTO PIANO, Dipartimento di Oncologia Sperimentale


Presentazione

I Laboratori

Tutti i nuovi Laboratori di Ricerca, completati ed attivati nel 2011, sono situati all’interno dell’Istituto, occupando l’intera superficie di circa 1.600 mq del quarto piano, ove sono posizionati anche la Direzione Scientifica, l’Ufficio di Segreteria, il Trial Office, la Biblioteca e il Servizio di Anatomia Patologica. La loro attuale e aggiornata configurazione ne prevede la suddivisione in Laboratori di Ricerca Clinica e Diagnostica Avanzata e Laboratori di Ricerca Pre-clinica e Traslazionale.

In particolare, sono attualmente operativi:

N. 3 Laboratori di Ricerca Pre-clinica/Traslazionale Oncologica
N. 1 Laboratorio di Genomica
N. 3 Laboratori per la Ricerca Clinica e la Diagnostica avanzata nei Tumori Solidi (Biologia Molecolare, Citogenetica Molecolare, Anatomia Patologica)
N. 3 Laboratori per la Ricerca Clinica e la Diagnostica avanzata in Onco-Ematologia (Citomorfologia ematologica e Citofluorimetria, Biologia Molecolare, Citogenetica Molecolare)
N. 1 Laboratorio per colture cellulari (stanza cellule)
N. 1 Sala conservazione campioni (n. 6 congelatori -80°).

Laboratori di Ricerca

Attività e servizi

I principali settori attivi nei Laboratori di Ricerca sono attualmente rappresentati da:

1. Attività integrata di ricerca clinica e pre-clinica/traslazionale nel campo dei tumori solidi (polmone, colon, mammella, prostata, melanoma ed altre neoplasie), con particolare riferimento a studi biomolecolari, di sequenziamento, gene-profiling e citogenetica molecolare, all’analisi di polimorfismi genetici e alla valutazione delle cellule tumorali circolanti.

2. Attività integrata di ricerca clinica e pre-clinica/traslazionale nel campo dell’onco-ematologia (leucemie, linfomi, mielomi, mielodisplasie, neoplasie mieloproliferative), con particolare riferimento a studi citofluorimetrici, biomolecolari, di citogenetica molecolare, sequenziamento, proteomica, sequenziamento, analisi dei profili di metilazione e gene-profiling.

3. Attività integrata di ricerca clinica e pre-clinica/traslazionale finalizzata alla identificazione e della caratterizzazione delle cellule staminali normali e neoplastiche, allo studio del microambiente tumorale, con particolare riferimento ai fenomeni angiogenetici e al metabolismo intracellulare mitocondriale.

4. Attività integrata di ricerca clinica e pre-clinica/traslazionale nell’ambito delle farmacogenomica e della farmacoresistenza agli agenti antineoplastici.

Tra le apparecchiature piu’ qualificanti dei Laboratori descritti, si segnala la disponibilita’ della piastra genomica di “Illumina” per l’analisi del profilo di espressione genica o “gene profiling”, “single mucleotide polymorphisms” (SNP), “whole genome deep sequencing” e studi di metilazione, di 2 sequenziatori, di 2 citofluorimetri (uno dei quali di ultima generazione a 6 fluorescenze), di 2 work-stations per FISH e citogenetica molecolare su campioni citologici e istologici, di una attrezzatura completa per HPLC, di multiple attrezzature per RT-PCR quantitativa e PCR non quantitativa, e di una “stanza cellule” con 4 incubatori e 4 cappe dedicate alle colture cellulari.

Nel 2011 sono stati 32 i giovani ricercatori/borsisti con contratti a progetto, suddivisi in 3 diversi profili professionali in base alla loro differente expertise (senior, expert, junior), che hanno svolto full-time la loro attivita’, suddivisi in diversi gruppi di ricerca e sotto la guida di Tutor universitari esterni esperti. Quattro hanno partecipato alle attivita’ di ricerca in ambito radioterapico, 5 sono stati dedicati ad attivita’ di supporto alla ricerca (in particolare Trial Office, Fund-raising e biblioteca on-line). Alcuni di essi si sono formati o si stanno formando, per conto dell’IRCCS-CROB, in Laboratori di Ricerca Universitari in Italia e all’estero.

Trentadue anche i ricercatori di ruolo che hanno svolto attivita’ scientifica con un impegno parziale e integrato nelconcomitante servizio assistenziale. Le Unità Operative e i Servizi che, sia pur in varia misura, hanno comunque fornito un significativo contributo alla attivita’ e alla produzione scientifica dell’Istituto, sono state quelle di Ematologia, Oncologia, Anatomia Patologica, Epidemiologia Clinica, Radioterapia, Medicina Nucleare, Cardiologia, Farmacia.

 

Attività di diagnostica molecolare avanzata dei tumori ematologici:
Dott.sse: Bianchino-Grieco

Esame
1. Bcl2/IgH: traslocazione t(14;18) a livello del locus maggiore (reg MBR) e del locus minore (reg mcr) che permette di individuare pazienti affetti da linfomi follicolari e da linfomi a grandi cellule B
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA con reazione polimerasica a catena e elettroforesi cod. Ministero 91.29.3

Esame
2. Bcl1: traslocazione t(11;14)(q13;q32) presente prevalentemente nei linfomi mantellari
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA con reazione polimerasica a catena e elettroforesi cod. Ministero 91.29.3

Esame
3. Analisi delle catene pesanti delle Immunoglobuline reg CDRIII e CDRII presenti nelle neoplasie linfoproliferative con lo scopo di identificare l’origine clonale della malattia
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA con reazione polimerasica a catena e elettroforesi cod. Ministero 91.29.3

Esame
4. BCR-abl: traslocazione t(9;22) presente nella leucemia mieloide cronica e nella leucemia linfoblatica acuta viene effettuata in PCR qualitativa ed in Real-time per il monitoraggio della Malattia Minima Residua in risposta alla terapia.
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA con reazione polimerasica a catena e elettroforesi cod. Ministero 91.29.3
Analisi di mutazione del DNA cod. 91.29.5

Esame
5. PML-rarα: traslocazione t(15;17) presente prevalentemente nella leucemia promielocitica; la presenza dei trascritti del gene di fusione PML/rar (tipo lungo bcr1/bcr2 e tipo corto bcr3) fornisce una informazione diagnostica e prognostica utile per adattare la terapia
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA con reazione polimerasica a catena e elettroforesi cod. Ministero 91.29.3
Analisi di mutazione del DNA cod. 91.29.5

Esame
6. traslocazione t(8;21) (q22;q22) per la ricerca del riarrangiamento AML1-ETO; L’esame viene utilizzato nella diagnosi dei pazienti affetti da leucemia mieloide acuta (AML)
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA con reazione polimerasica a catena e elettroforesi cod. Ministero 91.29.3

Esame
7. l’INV-16 (p13.1;q22) per la ricerca del gene di fusione CBFB-MYH11 prodotto dall’inversione pericentrica del cromosoma 16 o dalla traslocazione t(16;16); è possibile individuare le tre varianti A,D,E. L’esame viene utilizzato per l’accertamento diagnostico di tale riarrangiamento nei casi di leucemia mieloide acuta (AML)
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA con reazione polimerasica a catena e elettroforesi cod. Ministero 91.29.3

Esame
8. WT1 (11p13) per la valutazione dell’espressione del gene in numerosi tumori ematopoietici tra cui le leucemie acute
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA cod. 91.29.5

Esame
9. JAK2 (ex 14 ed ex12) una tirosin Kinasi coinvolta nella proliferazione delle cellule ematopoietiche e gioca un ruolo chiave in molti disordini mieloproliferativi quali la policitemia vera (PV), la trombocitemia essenziale (TE) e la metaplasma mieloide con mielofibrosi (MMM) e in caso di positività di JAK2 ex14, su richiesta viene effettuata l’analisi quantitativa della mutazione V617F.
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA cod. 91.29.5

Esame
10. FLT3 (ex 14 ITD) e NPM1 (ex12) le cui alterazioni molecolari sono utili per il riconoscimento di leucemie acute.
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA cod. 91.29.5

Esame
11. L’analisi di CMV in Real-Time PCR permette di determinare con elevata accuratezza la presenza/assenza del cmv nel campione biologico ed offre la possibilità di quantificare la carica virale del patogeno
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Virus Cytomegalovirus: analisi quantitativa del DNA (reazione polimerasica a catena) cod. Ministero 91.14.9

Esame
12. L’analisi molecolare del c-Kit (ex17) in Real-Time PCR, una mutazione somatica che si riscontra frequentemente nei pazienti con mastocitosi.
Descrizione Prestazione su impegnativa
Estrazione di DNA /RNA da sangue periferico cod. Ministero 91.36.5
Analisi di mutazione del DNA cod. 91.29.5

 


 Laboratorio di Ricerca Clinica e Diagnostica Avanzata dei Tumori Solidi
D.sse: Giuseppina Improta- Angela Zupa                Direttore: Dott.ssa Giulia Vita

Analisi Mutazionale di geni coinvolti nei tumori metastatici del colon retto per la terapia biologica con anticorpi monoclonali anti-EGFR (Cetuximab/Panitumumab). Tali analisi vengono effettuate su tessuto neoplastico operatorio o su biopsia.
KRAS Estrazione di DNA/RNA cod. Ministero 91.35.5 e a richiesta:
esone 2 (codoni 12 e 13) Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 3 (codoni 59 e 61) Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 4 (codoni 117 e 146) Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3

NRAS Estrazione di DNA/RNA cod. Ministero 91.35.5 e a richiesta:
esone 2 (codoni 12 e 13) Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 3 (codoni 59 e 61) Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3


Analisi Mutazionale del gene EGFR coinvolto nel tumore del polmone non a piccole cellule (NSCLC) per la terapia biologica con inibitori tirosin chinasici di EGFR (Gefitinib/Erlotinib). Tale analisi viene effettuata su tessuto neoplastico operatorio o su biopsia/citologico.
EGFR Estrazione di DNA/RNA cod. Ministero 91.35.5 e a richiesta:
esone 18 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 19 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 20 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 21 (Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3)

Analisi Mutazionale del gene BRAF coinvolto nel melanoma metastatico per la terapia biologica con anticorpo monoclonale anti-BRAF (Vemurafenib). Tale analisi viene effettuata su tessuto neoplastico operatorio o su biopsia.
BRAF Estrazione di DNA/RNA cod. Ministero 91.35.5 e a richiesta:
esone 15 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3


Analisi Mutazionale di geni coinvolti nei GIST (Tumori gastrointestinali di origine stromale) per la terapia biologica con anticorpo monoclonale anti-cKIT (Imatinib). Tali analisi vengono effettuate su tessuto neoplastico operatorio o su biopsia.
cKIT Estrazione di DNA/RNA cod. Ministero 91.35.5 e a richiesta:
esone 9 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 11 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 13 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 17 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3

PDGFRA Estrazione di DNA/RNA cod. Ministero 91.35.5 e a richiesta:
esone 12 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 14 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3
esone 18 Analisi segmenti di DNA mediante Sequenziamento cod. Ministero 91.30.3

Analisi di Metilazione del promotore del gene MGMT nei glioblastomi come fattore prognostico per la terapia con Temozolamide. Tale analisi viene effettuate su tessuto neoplastico operatorio o su biopsia.
MGMT Estrazione di DNA/RNA cod. Ministero 91.35.5 + Analisi del DNA con reazione polimerasica a catena ed elettroforesi cod. ministero 91.29.3 x3 (campione, controllo positivo, controllo negativo)