L'Istituto svolge la propria attività sulla base di programmi annuali e pluriennali che pianificano l'attività di ricerca e di assistenza secondo un principio di stretto collegamento.
In particolare, l'Istituto programma la propria attività di ricerca coerentemente con il programma di ricerca sanitaria di cui all'art. 12-bis del D.Lgs. 30/12/1992 n.502 e successive modificazioni, e con gli atti di programmazione regionale in materia, privilegiando i progetti eseguibili in rete e quelli sui quali possono aggregarsi più enti, anche al fine di evitare duplicazioni di attività e dispersioni di finanziamenti.
L'Istituto svolge le attività strumentali di cui all'art. 9 del D.LGS n.288/03 sulla base di programmi annuali e pluriennali predisposti dal Direttore Generale ed approvati e deliberati dal Consiglio di Indirizzo e Verifica e ne destina i relativi proventi in via prioritaria al finanziamento delle attività di ricerca ed alla qualifica del personale.